序列比對算法BWA的優(yōu)化

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摘 要：序列比對是基因組數(shù)據(jù)分析的關(guān)鍵一環(huán)，提高其比對效率對推動測序技術(shù)在醫(yī)學(xué)、古生物學(xué)等領(lǐng)域的應(yīng)用具有重要意義。針對BWA算法兩大步驟之一的SAMSE存在冗余讀取索引導(dǎo)致效率欠佳的問題，提出了新的算法BWA*。其通過運用流程優(yōu)化消除了SAMSE中參考序列及其索引的冗余讀取，在此基礎(chǔ)上疊加運用關(guān)鍵參數(shù)值調(diào)整和多線程優(yōu)化等技術(shù)，進一步提高了計算效率。（剩余25363字）