南歐大戟葉綠體基因組密碼子偏好性分析

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摘要：為了揭示南歐大戟葉綠體基因組密碼子使用偏性及形成原因，以南歐大戟葉綠體基因組中長度大于300 bp的非重復(fù)蛋白質(zhì)編碼序列為研究對(duì)象，利用Codon W 1.4.1、CUSP在線程序等生物信息學(xué)分析工具對(duì)其密碼子偏性及使用模式進(jìn)行分析。結(jié)果表明，南歐大戟葉綠體基因組密碼子中相對(duì)同義密碼子使用度>1的有31個(gè)，其中以 A/U 結(jié)尾的占71%，表明其偏好使用以A/U結(jié)尾的密碼子；有效密碼子數(shù)均值為46.74，說明密碼子使用的偏好性較弱；GC1與GC2呈極顯著相關(guān)，GC3與GC2、GC1無顯著相關(guān)性，表明密碼子第3位堿基與其他位置堿基的組成有差異；此外，ENC與GC3呈極顯著相關(guān)，說明密碼子末尾堿基組成在一定程度上會(huì)影響密碼子使用偏好性。（剩余9800字）