基于全基因組重測序SNP分析寧蒗高原雞保種群的群體遺傳多樣性和群體遺傳結(jié)構(gòu)

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摘  要： 旨在分析寧蒗高原雞保種群的群體遺傳多樣性和群體遺傳結(jié)構(gòu)，以期更好的保護(hù)和利用寧蒗高原雞這一種質(zhì)資源。本研究利用全基因組重測序技術(shù)檢測寧蒗高原雞（n=57）、大圍山微型雞（n=20）、尼西雞（n=11）和獨龍雞（n=10）群體的單核苷酸多態(tài)性（single-nucleotide polymorphism， SNP），以群體觀測雜合度（Ho）、期望雜合度（He）、多態(tài)性標(biāo)記比例（PN）、核苷酸多態(tài)性（Pi）、次等位基因頻率（Maf）以及連鎖不平衡（linkage disequilibrium， LD）衰減情況分析群體遺傳多樣性；使用主成分分析、系統(tǒng)發(fā)育樹、群體結(jié)構(gòu)分析探究不同品種的群體遺傳結(jié)構(gòu)；以群體分化指數(shù)（Fst）評估品種間的分化程度，以狀態(tài)同源（identity by state， IBS）、G矩陣和群體近交系數(shù)（FROH）分析寧蒗高原雞保種群體的親緣關(guān)系。（剩余24995字）