基于簡化基因組測序（Super-GBS）的子午嶺黑山羊保種群遺傳結(jié)構(gòu)評估

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摘 要： 旨在分析子午嶺黑山羊的群體遺傳多樣性和親緣關(guān)系以及家系結(jié)構(gòu)，為子午嶺黑山羊的保護(hù)和利用提供依據(jù)。本研究通過簡化基因組測序（super-genotyping by sequencing，Super-GBS）技術(shù)對99只（10公/89母）成年子午嶺黑山羊進(jìn)行全基因組SNP檢測。利用Plink軟件計(jì)算觀測雜合度（Ho）、期望雜合度（He）、多態(tài)信息含量（PIC）、核苷酸多樣性（Pi）、有效等位基因數(shù)（Ne）及次要等位基因頻率（MAF）等6項(xiàng)遺傳多樣性指標(biāo)；GCTA軟件進(jìn)行主成分分析及基因組親緣關(guān)系G矩陣構(gòu)建；Plink軟件構(gòu)建IBS遺傳距離矩陣，R語言繪制熱圖；PHYLP構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹；detect RUNS工具檢測ROH。（剩余18451字）