基于生物信息學(xué)分析肝細(xì)胞癌中l(wèi)ncRNA-miRNA-mRNA的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)

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摘要：目的  生物信息學(xué)方法分析肝細(xì)胞癌（HCC）中差異表達(dá)的lncRNA、miRNA和mRNA并構(gòu)建相關(guān)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。方法  采用R軟件分析癌癥基因組圖譜（TCGA）數(shù)據(jù)庫(kù)中374例HCC組織與50例癌旁組織中差異表達(dá)的基因，F(xiàn)unRich軟件分析差異表達(dá)miRNAs的轉(zhuǎn)錄因子，F(xiàn)unRich軟件結(jié)合Starbase和MiRDB數(shù)據(jù)庫(kù)分析miRNAs的靶基因，預(yù)測(cè)的靶基因與差異表達(dá)的mRNAs進(jìn)行交叉匹配;通過基因本體（GO）和京都基因與基因組百科全書（KEGG）對(duì)mRNAs和miRNAs進(jìn)行功能富集分析;使用STRING數(shù)據(jù)庫(kù)和Cytoscape軟件構(gòu)建蛋白-蛋白互作圖（PPI）;Starbase數(shù)據(jù)庫(kù)分析miRNAs的上游lncRNAs，Cytoscape軟件構(gòu)建lncRNA-miRNA-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。（剩余14294字）