基因型特征提取方法影響基因組選擇預(yù)測(cè)準(zhǔn)確性的研究

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摘 要：旨在探索并評(píng)估6種不同的單核苷多態(tài)性（single nucleotide polymorphisms，SNP）基因型特征提取方法。本研究分析比較了6種方法：主成分分析（principal component analysis，PCA）、基因主成分分析（gene-principal component analysis，gene-PCA）、SNP位點(diǎn)間皮爾遜相關(guān)系數(shù)（SNP-pearson correlation coefficient，SNP-PCC）、連鎖不平衡（linkage disequilibrium，LD）、全基因組關(guān)聯(lián)分析（genome-wide association study，GWAS）和隨機(jī)抽樣（random sampling，RS），在兩組數(shù)據(jù)（北京鴨，542個(gè)樣本，SNP位點(diǎn)數(shù)39932；杜洛克豬，2549個(gè)樣本，SNP位點(diǎn)數(shù)230884）3組表型（北京鴨體長(zhǎng)（body length）、杜洛克豬背膘厚（backfat thickness）和乳頭數(shù)（teat number））上的GEBV預(yù)測(cè)準(zhǔn)確率。（剩余16041字）